学校前身是创办于1950年秋的皖南医事学校；1951年改名皖南卫生技术学校；1952年改为安徽省芜湖卫生学校；1958年10月改名为芜湖医学专科学校；1963年，安庆医专、淮南医专先后并入芜湖医专。同年，国务院将芜湖医专列为全国16所医专之一；1970年安徽省4所医学院校合并时，芜湖医专并入安徽医学院；1971年改为安徽医学院皖南分院；1974年国务院批准独立建校，成立皖南医学院。
根据2016年6月学校官网显示，该校有银湖校区、滨江校区、赭麓校区三个校区，占地700余亩，各类建筑35万平方米。设有16个教学单位，3个硕士一级学科授权点，开办22个本科专业和2个专科专业，有有教职医护员工3954人，各类在校生2.7万余人。经安徽省教育厅同意，该校医学门类的相关专业从2018年起主体进入本科第一批次招生。
| 2019年招生专业/人数/分数 | |||||
| 升本专业 | 学制 | 原计划招生人数 | 调整后招生人数 | 录取分数（专业课） | 录取分数（总分） |
| 护理学 | 2年 | 100人 | 100人 | ||
| 药学 | 2年 | 60人 | 60人 | ||
| 2018年招生专业/人数/分数 | |||||
| 升本专业 | 学制 | 原计划招生人数 | 调整后招生人数 | 录取分数（专业课） | 录取分数（总分） |
| 药学 | 2年 | 60人 | 60人 | ||
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